Воротар «Зеніту» і збірної Росії, Малафеєв народився в Ленінграді, а футбольне освіту отримав в СДЮШОР «Зміна». У складі «Зеніта» дебютував в липні 1999 року, а 4 роки тому вперше надів светр воротаря збірної Росії.
За свою насичену кар'єру Малафеєв завоював чимало титулів: в складі «Зеніта» ставав чемпіоном Росії, володарем Кубка країни, Кубка УЄФА та Суперкубка Європи. На Євро-08 Малафеєв не був основним голкіпером російської збірної і не вийшов на поле жодного разу, однак по праву завоював бронзову медаль чемпіонату Європи.